Samorost 3 bắt đầu khi một cây sáo thần rơi xuống gần căn nhà của Gnome. Gnome quyết định tìm hiểu xem nó đến từ đâu và sắp đặt một hành trình đi qua Vũ trụ. Nó nói với một ông kĩ sư và nhờ ông chế tạo tên lửa hình cây nấm bằng cách tái sử dụng các bộ phận rải rác trên hình tinh của nó. Gnome bay từ hành tinh này sang hình tinh khác và gặp gỡ các sinh vật mà Gnome giúp đỡ bằng cách sử dụng cây sáo.

Gnome sau đó đã tìm ra hai cuốn sách nói rằng cây sáo thuộc về bốn thầy tu. Trước đó không lâu, các thầy tu có một cuộc sống yên bình, cho đến khi một con bạch tuộc vũ trụ khổng lồ màu cam đến từ một hố đen và bắt đầu ăn hành tinh của họ. Các thầy tu nhìn thấy con bạch tuộc đang tiến đến và họ tham khảo ý kiến của một kĩ sư (Cũng là người đến từ hành tinh của Gnome) về việc chế tạo một con tàu vũ trụ được điều khiển bởi những cây sáo ở trên lưng, và một kị sĩ máy được cung cấp năng lượng bởi một nhãn cầu màu đen để chiến đấu với con bạch tuộc và cứu vũ trụ. Kị sĩ sau đó đã chặt tay chân và giết con bạch tuộc, sau đó kị sĩ đã đi ngủ ở trên một mặt trăng, còn nhãn cầu thì được nhốt lại và được bảo vệ bởi một thầy tu giám hộ.

Trong quyển sách thứ hai, một trong bốn thầy tu đã sử dụng cây sáo của mình để tạo ra những vong hồn xấu, và ba thầy tu còn lại xua đuổi ông ta vì làm như vậy. Ông ta đã bí mật lấy cắp con tàu vũ trụ và biến nó thành một con rồng máy ba đầu thở ra lửa. Trong khi bay trên con rồng, ông ta giật lấy ba cây sáo từ các thầy tu và quăng các thầy tu khỏi lâu đài trên núi. Tuy nhiên, một cây sáo đã tuột và bay đi, và đó chính là cây sáo đã rơi xuống hành tinh của Gnome. Sau đó, ông ta sử dụng con rồng để thiêu hủy các linh hồn tốt mà ông ta tìm thấy trên các hành tinh khác rồi sau đó chiếm đoạt nhãn cầu đen để kị sĩ không thể bị đánh thức.

Cuối cùng, Gnome tìm đến được hành tinh của các thầy tu, lén lút lấy nhãn cầu đen từ người thầy tu độc ác, và sử dụng nó để hồi sinh kị sĩ máy, sau đó tiêu diệt con rồng và có lẽ đã giết cả thầy tu độc ác. Gnome ăn mừng bằng cách chơi nhạc cùng với ba thầy tu còn lại, những người đã thưởng cho Gnome sức mạnh dịch chuyển tức thời tới tất cả các hành tinh và đem nhãn cầu đen về nơi cất giữ. Gnome cuối cùng đã trở về hành tinh của mình để gặp lại chú chó của mình.